As informações do transcriptoma microbiano e do metatranscriptoma são importantes para prever a resistência a antibióticos específicos, entender as interações imunológicas hospedeiro-patógeno, quantificar as alterações na expressão gênica e rastrear a progressão da doença. A próxima geração de RNA-Seq (sequenciamento de RNA) de bactérias, vírus e outros micróbios tornou-se um método padrão para analisar informações de transcriptoma e metatranscriptoma
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