O Human Proteome Project (HPP) é um projeto internacional iniciado pela Human Proteome Organization (HUPO). O surgimento de novas técnicas, como a espectrometria de massa e a ionização por eletrospray do proteoma humano, pode ser determinado para melhorar a compreensão da biologia no nível celular. O HPP baseado em cromossomos visa desenvolver nossa compreensão do proteoma humano com foco na expansão da compreensão de cada gene em cada cromossomo. O HPP baseado em biologia/doença visa expandir nossa compreensão do proteoma humano com foco em aspectos importantes da pesquisa em biologia e pesquisa contínua focada em doenças. O Projeto Genoma Humano levou à descoberta de que os genes que codificam proteínas são muito menores do que as proteínas encontradas em humanos. Essa diversidade na proteína se deve ao splicing alternativo e às modificações pós-traducionais das proteínas. Assim, as proteínas são biomarcadores muito bons para diferentes doenças.
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