A Modelagem Molecular inclui todas as estratégias, hipotéticas e computacionais, usadas para modelar ou imitar as moléculas. As técnicas são utilizadas nos campos da ciência computacional, design de drogas, química computacional e ciência dos materiais para pensar sobre estruturas subatômicas que vão desde pequenas estruturas de mistura até enormes partículas naturais e grupos de materiais. O elemento regular das estratégias de demonstração subatômicas é a representação em nível atômico das estruturas subatômicas. A modelagem molecular encontra uma aplicação significativa na concepção de novas drogas potentes para combater doenças.