As estratégias de engenharia de proteínas destinadas à construção de enzimas com atividades, especificidades e estabilidades aprimoradas se beneficiam muito dos métodos in silico. Os métodos computacionais podem ser agrupados principalmente em três categorias principais. Eles são bioinformática, modelagem molecular e design de novo. O design de enzimas computacionais é uma área de pesquisa muito promissora. As atuais ferramentas de design computacional sofrem de uma séria limitação.
As estratégias de engenharia de proteínas destinadas à construção de enzimas com atividades, especificidades e estabilidades novas ou aprimoradas se beneficiam muito dos métodos in silico. Os métodos computacionais podem ser agrupados principalmente em três categorias principais: bioinformática; modelagem molecular; e design de novo. Particularmente, o design de proteínas de novo está passando por um rápido desenvolvimento, resultando em previsões mais robustas e confiáveis. Uma tendência recente no campo é combinar várias abordagens computacionais de maneira interativa e complementá-las com análise estrutural e evolução direcionada. Uma investigação detalhada de catalisadores projetados fornece informações valiosas sobre a base estrutural do reconhecimento molecular, catálise bioquímica e evolução de proteínas naturais.
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