O imenso progresso alcançado em estruturas complexas de proteína-proteína e no campo da modelagem de interação de proteína. Proteínas, ácidos nucléicos e pequenas moléculas formam uma densa rede de interações moleculares em uma célula. As moléculas são os nós dessa rede e as interações entre elas são as arestas. A arquitetura das redes moleculares pode revelar importantes princípios de organização e função celular. Da mesma forma que a estrutura das proteínas nos informa sobre a função e a organização de uma proteína.
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